Vo vodách Tichého oceánu sa odohrávajú dobrodružstvách dvoch koralových rybičiek druhu klaun očkatý, opatrného Marlina a jeho zvedavého syna Nema. Nemo je jediný, kto ostal Marlinovi z jeho rodiny po útoku dravca, a tak je Marlin na svojho potomka prehnane starostlivý. Napriek zákazu svojho otca Nemo hneď prvý deň v rybacej škole opúšťa bezpečie korálového útesu a vydáva sa do hlbokej vody, aby kamarátom dokázal svoju odvahu. Nanešťastie je odchytený športovým potápačom a končí v akváriu v prístavnej zubnej ordinácii v Sydney. Tu sa zoznámi s čudesnou partiou morských tvorov, ktorí spolu zdieľajú sklené steny svojho väzenia. Čoskoro začnú vymýšľať plán, ako sa dostať na slobodu ešte skôr, ako sa stanú obeťami zubárovej netere Darly, postrachu všetkých akváriových rýb.