Pol storočia po tom, čo hnutie odporu oslobodilo červenú planétu, sa Mars opäť stáva bojiskom. Povrch planéty je neobývateľný, a tak sa baníci presunuli do podzemných šachiet. Darius Mason, vnuk hrdinov revolúcie Aleca Masona a Samanyi, nevedomky prispeje k tomu, že sa dávne zlo z hlbín Marsu opäť prebúdza k životu.

Na planéte sa rozpútal Armageddon, a osady a základne sú doslova trhané na kusy. Darius, ktorý túto situáciu vlastne spôsobil, sa chytá úlohy neohrozeného hrdinu a so svojim tímom Red Faction sa vydáva zachrániť Mars a vlastne i celé ľudstvo. Cesty ho zavedú do jadra búrky, ľadových jaskýň, alebo lávových kaňonov.